Serial Experiments Lain comeca quando as amigas de Lain recebem um e-mail de Chisa Yomoda, uma colegial que havia se suicidado a uma semana atras. Lain que nunca teve afinidade com os Navis (os computadores da serie), pela primeira vez resolve verificar seu e-mail e ve que tambem havia recebido o e-mail de Chisa.